分子式和最简式不同，对化合物来说，它们的分子式是最简式的整数倍，或者说相对分子质量是最简式的整数倍。仅当相对分子质量和最简式式量相同时，最简式才和分子式相同，这时最简式就是分子式。

当分子式相同时，也有可能不是一种物质，它们有可能是同分异构体。

例如氧的分子式是O2，表示1个氧分子由2个氧原子构成，分子量是31.9988。

又如乙酸的分子式是C2H4O2，表示1个乙酸分子由2个碳原子、4个氢原子和2个氧原子构成，分子量是60.05。

水分子的分子式为H2O，它表示1个水分子由2个氢原子和1个氧原子构成。(图：分子式和结构式)

氯化氢分子的分子式为HCl，表示1个氯化氢分子由1个氢原子和1个氯原子构成。